Nace en 1562 en Ciudad Rodrigo. Es nombrado maestro de capilla de la Catedral de Oviedo en 1581. En 1583 es ordenado sacerdote y canta su primera misa en Ciudad Rodrigo.
De Oviedo pasa a Calahorra y después a Ávila, para acabar volviendo a su Miróbriga natal en 1591, donde también desempeña el cargo de maestro de capilla.
Se trata de uno de los pocos músicos españoles que consigue editar sus obras entre los siglos XVI y XVII.
Sus obras conocidas son:
"Misarum Ioannis Esquivelis in alma ecclesia Civitatensi portionarii, et cantorum praefecti, liber primus" (1608);
"Motecta festorum et Dominicarum cum Communi Sanctorum IV, V, VI et VIII vocibus concinanda" (1608); y
"Ioannis Esquivel. Civitatensis, et eiusdem sanctae ecclesiae portionarii, psalmorum, hymnorum, Magnificarum, et B. Mariae quautor antiphonarum de tempore, nec non et missarum. Tomus secundus" (1613).
Esta última es una voluminosa obra de 597 páginas, el más extenso volumen de polifonía publicado en España antes de 1700.
Podemos resumir la producción de Esquivel en: 13 misas, 72 motetes, 29 himnos de vísperas, 16 Magnificat, 8 salmos de vísperas, 4 antífonas marianas, 1 officium defunctorum y 6 piezas diversas.
Juan Esquivel de Barahona fallece en Ciudad Rodrigo hacia el año 1625.
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